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生態系研究フィールド（実験圃場）	生物環境調節実験施設（バイオトロン）
比較的小規模の野外実験圃場や温室を利用した実験ができる施設です。熱帯の樹木やガマ、アサガオといった草本植物、イネなどの農作物、昆虫（ミツバチ）等を用い、主に環境変化による生態系への影響を調べる実験を行っています。	地球環境の変化が生物・生態系に与える影響に関する研究を行うための基盤的な研究手段として位置づけられる施設です。温度、湿度、ガス濃度、光などの環境を制御することにより、幅広い影響評価実験が可能です。
環境試料タイムカプセル棟	微生物系統保存施設
液体窒素の蒸気（-160℃以下）を用いて極低温環境を維持し、長期間にわたり試料の凍結保存を可能にするシステムが備わった施設です。絶滅危惧野生動物の細胞・組織を保存しています。	様々な微細藻類、原生動物および絶滅危惧藻類の継代培養および凍結保存を行っている施設です。1983 年から微細藻類の系統保存を行い、培養株を研究材料として所内外の研究者に提供することによって広く環境研究に貢献しています。
環境ゲノム実験施設
ゲノム科学の発展により、希少種の全ゲノム解析や環境中の微量な DNA の解析データを環境保全に役立てることができるようになりました。ゲノム研究施設は環境ゲノム科学研究をサポートするため、次世代シーケンサー等の大型機器の一括管理と微量の DNA を扱うためのクリーンな実験環境を提供しています。