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霞ヶ浦産Microcystis aeruginosaのゲノム解析(平成 26年度)
Genome analyses of Microcystis aeruginosa in Lake Kasumigaura

予算区分
AQ センター調査研究
研究課題コード
1414AQ003
開始/終了年度
2014~2014年
キーワード(日本語)
ゲノム解析,シアノバクテリア,アオコ
キーワード(英語)
genome analyses, cyanobacteria, algal bloom

研究概要

アオコ形成シアノバクテリア Microcystis aeruginosa のうち,特定のグループに属するものは特に霞ヶ浦において優占することが知られている.本グループに属する M. aeruginosa が霞ヶ浦で優占する原因を推定するため,国立環境研究所微生物系統保存施設に寄託されている培養株を材料に,次世代シーケンサーによりそのゲノム配列を決定し,ゲノム中の遺伝子レパートリーおよび外来遺伝子の有無を既知の M. aeruginosa ゲノムと比較する.

研究の性格

  • 主たるもの:基礎科学研究
  • 従たるもの:応用科学研究

全体計画

ゲノム解析を行う対象株の選定を行う.選定後,対象株のクローン化・無菌化を行う.選定された培養株を用いて次世代シーケンス解析を行う.出力された配列に対してアセンブル,アノテーションを行い,既知の M. aeruginosa ゲノムと比較する.

今年度の研究概要

ゲノム解析を行う対象株の選定を行う.選定後,対象株のクローン化・無菌化を行う.選定された培養株を用いて次世代シーケンス解析を行う.出力された配列に対してアセンブル,アノテーションを行い,既知の M. aeruginosa ゲノムと比較する.

外部との連携

琉球大学 長名保範、筑波大学 田辺雄彦

関連する研究課題
  • 0 : 生物・生態系環境研究分野における研究課題

課題代表者

山口 晴代

  • 生物・生態系環境研究センター
    生物多様性資源保全研究推進室
  • 研究員
  • 博士(理学)
  • 生物学
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