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Digital DNA chipによる生物多様性評価と環境予測法の開発(平成 23年度)
Development of biodiversity evaluation and environmental forecast with Digital DNA chip

予算区分
KB JST
研究課題コード
1115KB001
開始/終了年度
2011~2015年
キーワード(日本語)
ピコプランクトン,生物多様性,フローサイトメトリ
キーワード(英語)
picoplankton, biodiversity, flowcytometry

研究概要

ピコサイズの植物プランクトンは海洋環境の基礎生産者としての重要性に加えて、進化系統的に多様性が高く、未知未培養性の種を多く含むことが知られる。東北沿岸海域のピコ植物プランクトンの多様性解明とメタゲノム情報を補完するためのレファレンスゲノムとして利用可能な培養株の確立を目的として、次の2つの研究項目に取り組む。
1) 保存株の長期保存に使われている凍結保存法を現場環境試料に適用することで、現場環境の微生物多様性を長期・安定的に保存する。
2) 現場環境で優占するピコ植物プランクトンを対象として、フローサイトメトリを活用した優占種の培養株確立と多様性解析を行う。

研究の性格

  • 主たるもの:基礎科学研究
  • 従たるもの:モニタリング・研究基盤整備

全体計画

東北地方を襲った大地震及び津波の沿岸域における海洋生物の多様性や海洋生態系への影響を把握することを目的に、微生物叢DNAの網羅的解析法と環境モニタリング法の開発を行う。被害のあった東北沿岸と被害の無かった海域に定点を定め、本研究課題で開発される研究手法を用いて、物理環境と海洋生態系の基礎となる微生物DNA叢のモニタリングを行い、それらを比較検討することによって、微生物叢の変化や環境回復の程度等を生物多様性の観点から評価する。

今年度の研究概要

 各研究項目における処理・解析方法等の条件検討を中心に行い、来年度からスムーズに調査研究を実施するための体制を整備する。
1) 環境試料の凍結保存
 現場環境の微生物多様性を長期・安定的に保存するために、保存株の長期保存に使われている凍結保存法を東北沿岸海域において採取した環境試料に適用する。
2) ピコプランクトンの多様性解析と優占種の培養株確立
 ピコプランクトンの多様性解析手法について検討を行うとともに、優占種の培養株を確立するためのフローサイトメトリ解析条件、細胞ソーティング条件に関する検討、そして培養条件の検討を行う。

外部との連携

この研究の全体研究代表者は五條堀 孝教授(国立遺伝学研究所であり、国立環境研究所はサブテーマの1つを担当する。

関連する研究課題

課題代表者

河地 正伸

  • 生物・生態系環境研究センター
    生物多様性資源保全研究推進室
  • 室長
  • 博士(理学)
  • 生物学
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担当者