新しい施設の研究活動
地球温暖化対策の具体化、環境ホルモンによる健康影響の解明と対策、飲料水の確保の鍵となる淡水の水質汚濁問題、処分場の限界を目前にして喫緊の課題となりつつある廃棄物問題、さらに環境に対して有用な微生物の活用など、社会が環境研究に対して、大きな期待を寄せています。当研究所では、このような新たな社会の要請に応えるべく、新しい研究施設の整備と最新の科学的知見を駆使して、これら問題に取り組んでいきます。
地球温暖化研究棟
地球温暖化防止京都会議で合意された削減目標を実質的に達成するために、その評価手法等を科学的に検証することが求められています。研究所内に新たに設置した地球温暖化研究棟においては、二酸化炭素のシンク、吸収・排出源の解明と評価、地球環境研究のさらなる強化、低公害車の評価について最新の研究設備を導入し、これを中心とした研究業務並びにセンター機能を強化していきます。
循環・廃棄物研究棟
大量生産、大量消費、大量廃棄型の社会から、天然資源の消費が少なく、環境への負荷が小さい循環型社会への転換を図ることが、21世紀を生きる私たちに課せられた重要な課題となっています。2002年3月に竣工した循環・廃棄物研究棟では、循環型社会への転換を支援するために、最新のプラント実験設備や分析機器等を導入し、循環型社会の評価手法や基盤システムの整備、廃棄物の資源化・処理処分技術やシステムの開発、有害物質によるリスクの総合的な制御手法などに関する研究を推進しています。
ナノ粒子健康影響実験施設
自動車から排出される粒子状物質に起因する大気汚染が都市部を中心に依然厳しい状況にあります。 特にディーゼル車の排ガスに含まれる超微小粒子（いわゆるナノ粒子）による健康影響が懸念されており、この分野の影響研究をさらに進める必要があります。ナノ粒子健康影響実験施設は、最新の曝露装置を備えた最高レベルの動物実験施設として従来の動物実験棟の一部を撤去し新設しました。（2005年6月開所）
環境試料タイムカプセル棟
環境汚染物質の長期的トレンドを調べたり、新たな汚染が明らかになった際に過去の検証を行うなどのために、環境研究を進めていく上で、環境試料や生物標本といった知的研究基盤の戦略的、体系的な整備が必要とされています。このため、環境試料を保存する中核施設として環境試料タイムカプセル棟を設置して、土壌や大気粉塵などの環境試料や絶滅のおそれのある野生生物の細胞及び遺伝子を長期的に保存し、環境研究知的基盤を整備していきます。
環境生物保存棟
富栄養化などの環境問題、環境改善、環境保全に関連した微生物に関する研究をさらに進めるために、環境微生物の凍結保存、稀少藻類種の系統保存、分類学的研究、機能評価、情報ネットワークの構築に関する研究等を行います。また、従来、微生物系統保存棟で行っていた環境微生物の系統保存と提供事業を統合し、研究所内外の研究者に培養株やデータの提供を行います
環境リスク研究棟
環境リスクに関する調査・研究の中枢を担う総合研究施設です。１階は水生生物の生態影響評価研究エリア、２階のエリアでは、化学物質を計測するための機器（GC/MS,LC/MSなど）や、共焦点レーザー顕微鏡が設置され、また、環境質のin vitro バイオアッセイ手法による評価研究が行われています。４階は環境リスクに関する情報の収集・解析・評価を行うエリアと、ヒ トの健康に関する感受性要因を解明するための動物実験エリアからなっています。
バイオ・エコエンジニアリング研究施設
閉鎖性水域の水質汚濁改善は環境保全の最重要課題の一つになっています。水質浄化技術は地域の状況に応じて、最適なものを適用することが必要です。当研究所では、生態工学等を利用した資源循環型の高度処理浄化槽等に関する研究を行うための施設を、水環境保全再生研究ステーション内に設置し、国際共同研究を含めた研究の強化を進めていきます。