河川には、農地や市街地から雑多な排水が流入し、とりわけ、水田や畑、ゴルフ場に散布される農薬類、あるいは、家庭で用いる園芸用の殺虫剤などが、河川水中から低濃度ながら検出されます。過去にレイチェル・カーソンが『沈黙の春』（1962）で警告したDDTをはじめとする有機塩素系の殺虫剤や有機リン系のパラチオンのような急性毒性（魚毒性）の強い殺虫剤は、国内ではすでに使用禁止になっています。
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