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| NCBI (National Center for Biotechnology Information) http://www.ncbi.nlm.nih.gov |
GenBanknAiGene，Geneなどの様々な遺伝子データベース，文献データベース検索システムPubMed，相同性配列を検索するBLASTなど，データベースやツールが充実したゲノム総合サイト． |
| Ensembl http://www.ensembl.org/index.html |
ウェルカム財団サンガー研究所とヨーロッパ生命情報研究所（EBI）により作成されている，真核生物のゲノムアノテーションデータベース．特定の配列を持つ遺伝子やその上流域配列を一括で抽出してくれるBioMartなど，様々な解析ツールを提供している． |
| DDBJ (DNA Data Bank of Japan) http://www.ddbj.nig.ac.jp/Welcome-j.html |
国立遺伝学研究所で運営される，世界三大DNAデータバンクの一つ．NCBIやEBIと共に，国際塩基配列データベースを形成している． |
| FANTOM3 database http://fantom.gsc.riken.go.jp/ |
理化学研究所のマウス全長cDNAプロジェクトによって得られたcDNAのデータベース． |
| TRANSFAC http://www.gene-regulation.com/ pub/databases.html |
BioBase社で構築された転写制御因子データベース．キーワード検索ができる．解析用プログラムも併せて提供されている． |
| TFdb http://genome.gsc.riken.jp/TFdb/ |
理化学研究所が運営・管理するマウス転写因子データベース． |
| JASPAR database http://mordor.cgb.ki.se/cgi-bin/ jaspar2005/jaspar_db.pl |
遺伝子上流配列を入手すれば簡単に転写因子結合サイトを検索することができる．しかし，検索できる転写因子の情報は少なめ． |
| MatInspector (Genomatix) http://www.genomatix.de/online_help/ help_matinspector/matinspector_help.html |
TRANSFACのデータベースを利用して遺伝子上流域の転写因子結合サイトを検索する． |
| TRRD (Transcription Regulatory Regions Database) http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/ mgs/gnw/trrd/ |
転写調節部位に関するデータベース．細胞周期や内分泌系，赤血球特異的なものなどに分類されている． |
| TFSEARCH http://www.cbrc.jp/research/db/ TFSEARCHJ.html |
TRANSFACの転写因子結合配列の行列データベースを利用して検索できる． |
| GEO (Gene Expression Omnibus) http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/ |
NCBIにより管理・運営されているマイクロアレイデータベース．データ量としては最大規模．データをエキスポートしてGene Springなどの市販ソフトで解析することができる． |
| ArrayExpress http://www.ebi.ac.uk/arrayexpress/ |
EBIのマイクロアレイデータベース．マイクロアレイのデータは、Expression Profilerで詳細に解析することができる． |
| READ (Riken Expression Array Database) http://read.gsc.riken.go.jp/ |
理化学研究所が運営・管理する，マイクロアレイ解析によって得られた，マウスの遺伝子発現データのデータベース． |
| Oncogenomics Normal Tissue Database http://ntddb.abcc.ncifcrf.gov/ cgi-bin/nltissue.pl |
正常ヒト組織での網羅的遺伝子発現解析データを格納したデータベース． |
| EDGE (Environmental, Drugs and Gene Expression) http://edge.oncology.wisc.edu/ |
ダイオキシン類（TCDDやPCB類）などの環境汚染物質を中心とした曝露実験におけるマイクロアレイデータが格納されている． |
| SMD (Stanford Microarray Database) http://genome-www5.stanford.edu/ |
スタンフォード大学が提供．マイクロアレイ解析によって得られた遺伝子発現データのデータベース． |
| SBM-DB：システム生物医学データベース http://www2.genome.rcast.u-tokyo. ac.jp/jp/project/geneexpdb.html |
ヒト正常組織・細胞や疾患・薬剤投与による遺伝子発現情報のデータベース． |
| IUPHAR Receptor Database http://www.iuphar-db.org/ GPCR/index.html |
国際薬理学連合が提供． |
| KEGG (生命システム情報統合データベース) http://www.kegg.jp/ |
様々な生命現象における分子間相互作用を示したパスウェイデータベースが有名． |
| MGI (Mouse Genome Information) http://www.informatics.jax.org/ |
Jacksonラボが運営しているマウスのゲノムデータベース．マウス系統間での多型検索などが行える． |
| Eisen Lab http://rana.lbl.gov/EisenSoftware.htm |
クラスター解析用ソフトClusterやTree Viewなどバイオインフォマティクス解析のソフトを開発している． |
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