自動ろ過サンプリング装置で得られたろ液は、自動分析計(Bran Luebbe Auto-Analyzer)による硝酸態、亜硝酸態、アンモニア態の各窒素、リン酸態のリンおよび溶存ケイ素の分析に供します。ろ紙は植物プランクトン色素（クロロフィルaフェオフィチンa）の分析にかけますが、1997年以前（さんふらわあ２）には蛍光法で、以降（さんふらわああいぼり）には高速液体クロマトグラフィ（HPLC）による吸光法で分析しました。

表2　測定項目と観測機器一覧

	項目		計測・分析機器	分析法
1)	水温		Hydrolab社製水質計		0.1Co
2)	塩分		H-20		0.1psu
3)	硝酸態窒素		Bran Lubbe社製オートアナライザー TRAACS800	銅カドミ還元カラム法	0.05M
4)	亜硝酸態			ナフチルエチレンジアミン法	0.05M
5)	アンモニア態			インドフェノール法	0.20M
6)	リン酸			リンモリブデン酸法	0.03M
7)	溶存ケイ素			ケイモリブデン酸法	1.0M
8)	クロロフィルa	1994 | 1997	コタキ社製蛍光光度計　UM-2S	アセトン抽出蛍光光度法	0.02g/L
9)	フェオフィチンa				0.02g/L
10)	クロロフィルa	1998 | 2000	SHIMADZU社製HPLC LC-10A	溶媒グラジエントによるフォトダイオードアレー吸光法	0.01g/L
11)	フェオフィチンa				0.01g/L

* 3)-9)の分析法については海洋観測指針（気象庁）による。

なお、フェリーの海水取水口は海面下約5mの船腹に設けられているのですが、実際にどのくらいの深さの海水がここに引き込まれるかは自明のことではありませんし、重要なことです。このことを確認するため、船舶技術研究所（現在は独立行政法人海上技術安全研究所）では、船体模型を実験水路で走らせる実験と数値シミュレーション実験により、図4のような流跡線を推定しました⁸⁾。この結果によれば、実際のフェリーでは取水口が海面下5mにあっても海面下1m以浅の海水を採水しているものと推定されます。

図4　フェリー船体周囲の流線（船体を下から見たところ,海上技術安全研究所の船体模型実験および数値シミュレーション実験によって得られたもの. 船首の海面近くの海水が船体で押し下げられ、海面下4-5メートルにある船体後部の取水口から吸い込まれると推定される.